dharmacon CRISPR Guide RNA

CRISPR指南RNA

用于靶向基因敲除的慢病毒和合成試劑

指導(dǎo)RNAs程序Cas9核酸酶切割特定的基因組位置。設(shè)計有效的功能性指導(dǎo)RNA對于實現(xiàn)有效的基因敲除至關(guān)重要。

了解指導(dǎo)RNA產(chǎn)品的更多信息

• 合成的crRNA

  預(yù)先設(shè)計或定制合成，用于跨越許多基因的快速敲除研究

• 慢病毒sgRNA

  預(yù)先設(shè)計或定制的sgRNA作為甘油儲備和高滴度純化的慢病毒顆粒，用于小規(guī)模和大規(guī)模研究

• 合成sgRNA

  用于CRISPR-Cas9基因編輯的定制單指導(dǎo)RNA寡核苷酸

• 所有Edit-R預(yù)先設(shè)計的指導(dǎo)RNA（合成的crRNA和慢病毒sgRNA）都設(shè)計有經(jīng)過驗證的算法，以提高功能性敲除的可能性，而不僅僅是雙鏈斷裂（DSB）。通過評估數(shù)千種設(shè)計的功能表型，然后在其他測定系統(tǒng)中驗證我們的設(shè)計規(guī)則，我們建立了確定更有可能提供特異性切割和功能性敲除的靶位點的規(guī)則。

  可以使用CRISPR設(shè)計工具為任何序列定制設(shè)計Edit-R合成sgRNA和crRNA 。

  CRISPR-Cas9系統(tǒng)中的指導(dǎo)RNA

  除了表達(dá)Cas9核酸酶之外，CRISPR-Cas9系統(tǒng)還需要特定的RNA部分來募集和指導(dǎo)核酸酶活性。這些指導(dǎo)RNA采用以下兩種形式之一：

  • 長化學(xué)合成的反式激活CRISPR RNA（tracrRNA）加上化學(xué)合成的CRISPR RNA（crRNA），用于切割感興趣的基因靶位點（圖1a）
  • -要么-
  • 合成或表達(dá)的單一指導(dǎo)RNA（sgRNA），由crRNA和tracrRNA組成，作為單一構(gòu)建體（圖1b）
  

  圖1a。由crRNA編程的Cas9核酸酶的插圖：tracr復(fù)合物切割PAM的5'基因組DNA的兩條鏈

  

  圖1b。由sgRNA復(fù)合物編程的Cas9核酸酶的插圖切割PAM的5'基因組DNA的兩條鏈

RISPR指南RNA產(chǎn)品

合成指導(dǎo)RNA

• Edit-R預(yù)先設(shè)計的crRNA

  保證編輯你的目標(biāo)！算法優(yōu)化的crRNA，用于人類，小鼠或大鼠基因的全基因組覆蓋。核酸酶抗性的修飾改善了無DNA編輯。只需搜索您的基因！

• Edit-R tracrRNA

  Edit-R反式激活CRISPR RNA（tracrRNA）是合成的，HPLC純化的長RNA，需要與Edit-R crRNA一起使用以形成編程Cas9核酸酶的復(fù)合物。它經(jīng)過核酸酶抗性修飾，可與修飾或未修飾的Edit-R crRNA一起使用。

• Edit-R合成sgRNA

  定制合成100-mer單指導(dǎo)RNA，輸入您自己的設(shè)計或使用我們靈活的設(shè)計工具

• Edit-R合成陽性crRNA控制和檢測引物

  針對特征良好的基因的物種特異性crRNA，以及錯配檢測分析引物，以確定基因編輯條件對大效率的有效性。

• Edit-R合成crRNA非靶向?qū)φ?/h3>

  非靶向?qū)φ找栽谌狈虬刑禺愋詂rRNA的情況下評估對CRISPR-Cas9組分的細(xì)胞應(yīng)答。

• Edit-R crRNA文庫

  用于陣列敲除篩選的流行基因家族的預(yù)定義集合

• 櫻桃挑選圖書館

  有一個喜歡的基因列表？定制并訂購預(yù)先設(shè)計的crRNA板，用于您感興趣的目標(biāo)中的敲除研究

一體化慢病毒sgRNA產(chǎn)品

• Edit-R一體化慢病毒sgRNA

  全基因組結(jié)合Cas9和sgRNA，實現(xiàn)有效的基因敲除和的特異性; 可用作甘油原料和高滴度純化顆粒。

• Edit-R一體化慢病毒sgRNA陽性對照和試劑盒

  控制一體化慢病毒sgRNA以驗證DNA雙鏈斷裂和基因編輯效率。

• Edit-R一體化慢病毒sgRNA非靶向?qū)φ?/h3>

  生物信息學(xué)設(shè)計和驗證的一體化慢病毒sgRNA構(gòu)建體不靶向人，小鼠或大鼠基因組中的任何基因。

慢病毒指南RNA

• Edit-R預(yù)先設(shè)計了慢病毒sgRNA

  保證編輯你的目標(biāo)！算法優(yōu)化的sgRNA，用于人類，小鼠或大鼠基因的全基因組覆蓋。提供高滴度的慢病毒顆粒和甘油儲備。

• Edit-R慢病毒sgRNA陽性對照

  針對特征良好的基因的物種特異性sgRNA，以確定基因編輯條件對大效率的有效性。

• Edit-R慢病毒sgRNA非靶向?qū)φ?/h3>

  非靶向?qū)φ找栽谌狈虬刑禺愋詓gRNA的情況下評估對CRISPR-Cas9組分的細(xì)胞應(yīng)答

• Edit-R匯集慢病毒sgRNA文庫

  用于人和小鼠中預(yù)定基因集的高滴度合并篩選文庫。

• Edit-R陣列慢病毒sgRNA文庫

  用于高通量敲除篩選的整個人類基因家族的慢病毒sgRNA文庫的陣列集合。

定制指南RNA設(shè)計和訂購工具

• CRISPR設(shè)計工具

  放置自定義指南RNA訂單，或使用我們易于使用的界面設(shè)計和訂購您自己的合成sgRNA，crRNA或慢病毒sgRNA。

HDR捐贈者模板設(shè)計和訂購工具

• Edit-R HDR捐贈設(shè)計師 - 寡頭

  設(shè)計并訂購單鏈DNA供體（≤150nt）用于插入，缺失或其他改變。

• Edit-R HDR Donor Designer - 質(zhì)粒

  設(shè)計并訂購用于插入mKate2或EGFP熒光標(biāo)記物或定制插入物的質(zhì)粒DNA供體試劑盒

HDR捐贈者模板成套工具

• Edit-R HDR質(zhì)粒供體試劑盒

  快速且容易地組裝用于HDR的質(zhì)粒供體

• Edit-R HDR質(zhì)粒供體組件

  快速有效地構(gòu)建HDR供體質(zhì)粒

• Edit-R HDR質(zhì)粒供體引物

  Edit-R質(zhì)粒供體試劑盒的PCR組件

指南RNA選擇指南

為實驗確定合適的指導(dǎo)RNA類型取決于您的特定實驗或細(xì)胞類型。查看此表中的功能，開始選擇宜指導(dǎo)RNA試劑。

所有Edit-R預(yù)先設(shè)計的指導(dǎo)RNA（合成的crRNA和慢病毒sgRNA）都設(shè)計有經(jīng)過驗證的算法，以提高功能性敲除的可能性，而不僅僅是雙鏈斷裂（DSB）。

單獨的位置不是CRISPR靶位點功能的指示

沿著VCP基因的編碼序列的長度評估crRNA的功能性表明沒有特定的模式，因為它涉及外顯子位置，增強了設(shè)計算法表征功能特征的重要性。重組U2OS Ubi [G76V] -EGFP -Cas9細(xì)胞用266種不同的合成crRNA：tracrRNA復(fù)合物轉(zhuǎn)染，靶向VCP基因沿著基因編碼區(qū)的長度（使用DharmaFECT 4 Transfection Reagent，0.07μg/孔和50 nM合成crRNA） ：tracrRNA終濃度）。72小時后，使用Envision讀板儀（Perkin Elmer）測量EGFP熒光。

具有來自Edit-R算法的高分?jǐn)?shù)的crRNA具有比低評分設(shè)計更高的分裂效率

對10個基因（藍(lán)色條）具有高功能評分的10個crRNA和對相同基因（黃色條）具有低功能評分的10個crRNA通過下一代測序進(jìn)行編輯測試。93％的高評分crRNA和32％的低評分crRNA顯示> 40％的編輯（插入缺失）。用50nM crRNA：tracrRNA轉(zhuǎn)染Cas9-HEK293T細(xì)胞系，使用0.25μL/孔的DharmaFECT 1.轉(zhuǎn)染后72小時，裂解細(xì)胞并且每個處理的細(xì)胞產(chǎn)生跨越每個crRNA位點的Nextera轉(zhuǎn)座子適應(yīng)的擴增子。樣品以及來自未轉(zhuǎn)染樣品的匹配對照擴增子。使用Nextera 96??孔索引試劑盒對樣品進(jìn)行索引，并合并用于在MiSeq儀器上進(jìn)行測序（成對的末端讀數(shù)，2×300長度）。通過NGS質(zhì)量過濾標(biāo)準(zhǔn)的讀數(shù)與參考文件（Bowtie2 v2.1.0）對齊。計算完整讀數(shù)的百分比并將其標(biāo)準(zhǔn)化為對照未轉(zhuǎn)染的樣品（Samtools v0.1.12a）; 數(shù)據(jù)顯示為已編輯的標(biāo)準(zhǔn)化百分比。

具有高算法的功能評分的crRNA在其他功能測定中也表現(xiàn)良好

將具有整合的Cas9（在CAG啟動子下）的U2OS-蛋白酶體細(xì)胞以每孔10,000個細(xì)胞接種在96孔板中。鋪板后24小時，使用0.2μg/孔的DF4，用25nM crRNA：tracrRNA轉(zhuǎn)染細(xì)胞。使用ApoONE均相測定法（Promega）在轉(zhuǎn)染后48小時分析細(xì)胞的凋亡。顯示了在ApoONE測定中靶向BCL2L1，PLK1或WEE1的crRNA功能的箱形圖表示。為了產(chǎn)生箱形圖，基于它們的功能評分將crRNA分成下半部分（H1）和上半部分（H2）。中位數(shù)，下四分位數(shù)和上四分位數(shù)之間的數(shù)據(jù)分布以及小值和大值表明高得分的crRNA具有增加的功能。